วัดมัชฌันติการาม (วัดน้อย) สร้างมาเมื่อใดไม่ปรากฏประวัติชัดเจน จากการเล่าสู่กันมาของคนในท้องถิ่น ประกอบกับหลักฐานที่พอจะรวบรวมได้ในปัจจุบัน สันนิษฐานว่าวัดนี้เริ่มสร้างในสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลาย เป็นวัดป่าที่ล้อมไปด้วยสวนทุเรียน สวนกล้วย สวนหมาก สวนส้ม ไม่มีชื่อเรียกอย่างเป็นทางการ แต่เป็นสถานที่ปฏิบัติวิปัสสนากรรมฐานของพระธุดงค์ที่ผ่านไปมา วัดมีอาณาเขตทางทิศตะวันตกจดริมคลองบางเขนใหม่ เส้นทางสัญจรต้องอาศัยเรือเป็นพาหนะ มีพระภิกษุอยู่จำพรรษาบ้าง ไม่มีบ้าง
ในปีพุทธศักราช ๒๔๑๗ เจ้าจอมมารดาเที่ยง เจ้าจอมมารดาในพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว บังคับบัญชาการห้องเครื่องต้น ซึ่งมีความเลื่อมใสศรัทธาในบวรพุทธศาสนา ได้มาเป็นผู้อุปถัมภ์ “วัดน้อย แขวงกรุงเทพฯ” ในการก่อสร้างศาสนวัตถุต่าง ๆ ให้ถูกต้องพระธรรมวินัยและกฎหมายบ้านเมือง และพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้พระราชทานวิสุงคามสีมาสามัญ โดยพระราชทานพระบรม ราชานุญาต เมื่อวันที่ ๒๙ เมษายน พุทธศักราช ๒๔๔๖ และสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณ วโรรสทรงรับเป็นพระธุระผูกพัทธสีมา ให้เป็นวัดราษฎร์ ที่ถูกต้องตามกฎหมาย ฝ่ายธรรมยุติกนิกาย
(“หนังสือกระทรวงธรรมการ ที่ ๒๗๑/๘๑๗๒ วันที่ ๑๓ เดือนกุมภาพันธ์ ร.ศ. ๑๒๑ ความว่า ข้าพระพุทธเจ้าพระยาวุฒิการบดี ขอประทานกราบทูล พระเจ้าน้องยาเธอกรมขุนสมมตอมรพันธุ์ ทราบฝ่าพระบาท ด้วยพระเจ้าน้องยาเธอ กรมหลวงดำรงราชานุภาพเสนาบดีกระทรวงมหาดไทยมีรับสั่งแก่ข้าพระพุทธเจ้าว่า เจ้าจอมมารดาเที่ยงมีใจศรัทธาได้ก่อสร้างพระอุโบสถขึ้นไว้ที่วัดน้อยบางเขนแขวงกรุงเทพฯ โดยกว้าง ๘ วา ยาว ๑๓ วา ยังไม่ได้ผูกพัทธสีมา เจ้าจอมมารดาเที่ยงขอรับพระราชทานพระบรม ราชานุญาตที่ผูกพัทธสีมาที่อุโบสถรายนี้นั้น ถ้ามีโอกาสอันควรขอฝ่าพระบาทได้โปรดนำความกราบบังคมทูลพระกรุณาทราบฝ่าละอองธุลีพระบาท จะควรประการใดแล้วแต่จะทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ ควรมิควรแล้วแต่จะโปรดเกล้า ลงชื่อพระยาวุฒิการบดี”
“และเอกสารราชกิจจานุเบกษา วันที่ ๓๑ พฤษภาคม ๑๒๒ เล่ม ๒๐ หน้า ๑๓๓ ความว่า พระราชทานวิสุงคามสีมาสามัญ พระราชทานพระบรมราชานุญาต วันที่ ๒๙ เมษายน รัตนโกสินทร์ ศก ๑๒๒ ลำดับที่ ๕ วัดน้อย แขวงกรุงเทพฯ ยาว ๑๓ วา กว้าง ๘ วา เจ้าจอมมารดาเที่ยง ขอพระราชทาน พระบรมราชานุญาต”)
มีพระครูธรรมสารวิจิตร (หลวงปู่อ่อน ญาณเตโช) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดมัชฌันติการาม เป็นรูปแรก เมื่อพุทธศักราช ๒๔๔๐ ถึงพุทธศักราช ๒๔๖๕ และเพื่อเป็นอนุสรณ์แด่เจ้าจอมมารดาเที่ยง ผู้รับราชการสนองพระเดชพระคุณด้วยความจงรักภักดีมาโดยตลอด และเป็นผู้อุปถัมภ์สร้างวัดน้อย แขวงกรุงเทพฯ พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานนามว่า “มัชฌันติการาม”ตามชื่อของผู้อุปถัมภ์ในการสร้างวัด คือ มัชฌันติก แปลว่า “เที่ยง” และอาราม แปลว่า “วัด” เมื่อรวมกันแปลว่า “วัดของเจ้าจอมมารดาเที่ยง” ครั้นเจ้าจอมมารดาเที่ยงถึงแก่อนิจกรรมเมื่อพุทธศักราช ๒๔๕๖แล้ว มีเจ้าจอมมารดาแสในพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว และพระเจ้าบรมวงศ์เธอพระองค์เจ้าอัพภันตรีปชา พระราชธิดาซึ่งประสูติแต่เจ้าจอมมารดาแสในพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ให้การอุปถัมภ์ทำนุบำรุงวัดมัชฌันติการามต่อเนื่องมา และในบางโอกาสได้รับ พระมหากรุณาธิคุณจากพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว พระราชทานพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์บำรุงพระอารามและปฏิสังขรณ์เสนาสนะของวัดอยู่เนือง ๆ
ปัจจุบันวัดมัชฌันติการาม ตั้งอยู่ ณ เลขที่ ๑๐๒ ถนนวงศ์สว่าง ๑๑ แขวงวงศ์สว่าง เขตบางซื่อ กรุงเทพมหานคร สังกัดคณะสงฆ์ธรรมยุติกนิกาย มีเนื้อที่ ๒๑ ไร่ ๒ งาน ๗๘.๕ ตารางวา มีอาณาเขต
ทิศเหนือ จดรั้วสวนของนายชิตและนางเนียม ประเสริฐ
ทิศใต้ จดซอยโภคามหาศาล
ทิศตะวันออก จดชุมชนสมบุญดี
ทิศตะวันตก จดคลองบางเขนใหม่
อาคารเสนาสนะ ประกอบด้วย อุโบสถ กว้าง ๑๖ เมตร ยาว ๒๖ เมตร เป็นอาคารก่ออิฐถือปูน หลังคามุงกระเบื้องโบราณ มีช่อฟ้า ใบระกา หางหงส์ หน้าบันถือปูนมีตรีศูลอยู่บนพาน อันเป็นสัญลักษณ์ของราชวงศ์จักรี ภายใต้มงกุฎครอบ ขนาบข้างด้วยฉัตร ๕ ชั้น มีรัศมีเปล่งประกายโดยรอบ ซึ่งแสดงถึงการเป็นวัดราษฎร์ที่ได้รับการอุปถัมภ์ทำนุบำรุงจากพระบรมวงศานุวงศ์ เครือญาติและผู้เกี่ยวกับพระบรมวงศานุวงศ์มาแต่ต้นอย่างต่อเนื่อง จนถึงประชาชนทั่วไปให้การอุปถัมภ์ และใช้เป็นตราประจำวัดมาจนถึงปัจจุบัน เจดีย์ทรงระฆังคว่ำ กว้าง ๑๐ เมตร ยาว ๑๐ เมตร สูง ๑๗ เมตร สร้างพร้อมกับอุโบสถ ศาลาการเปรียญ กว้าง ๑๐ เมตร ยาว ๒๐ เมตร สร้างเมื่อ พ.ศ. ๒๔๙๕ เป็นศาลาสองชั้นคอนกรีตเสริมเหล็ก ชั้นบนเป็นไม้ ศาลาปฏิบัติธรรม กว้าง ๒๐ เมตร ยาว ๔๐ เมตร สร้างเมื่อ พ.ศ. ๒๕๖๒ เป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็ก วิหารหลวงปู่อ่อน ญาณเตโช กว้าง ๑๒ เมตร ๒๐ ซม. ยาว ๑๒ เมตร ๒๐ ซม. สร้างเมื่อ พ.ศ. ๒๕๔๖ โรงเรียนพระปริยัติธรรม กว้าง ๑๐ เมตร ยาว ๓๖ เมตร เป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็ก สร้างเมื่อ พ.ศ. ๒๕๓๗ ซุ้มประตูปากซอยเข้าวัด (ซอยวงศ์สว่าง ๑๑) เป็นซุ้มประตูแห่งเดียวในเขตบางซื่อ ที่นำตรา คณะธรรมยุติกนิกายมาประดิษฐานบนซุ้ม ฌาปนสถานวัดมัชฌันติการาม เป็นฌาปนสถานเตาเผาไร้มลพิษ ๒ เตา เพื่อให้ถูกต้องตามมาตรฐานของกรมควบคุมมลพิษ ได้รับการอุปถัมภ์อย่างดียิ่งจากพุทธศาสนิกชน มีจิตศรัทธาร่วมบริจาคในการเปลี่ยนหัวเตาจากไฟฟ้ามาเป็นหัวเตาเผาน้ำมันปราศจากมลพิษต่อสิ่งแวดล้อม กุฏิสงฆ์ ๒๒ หลัง นอกจากนี้ยังมีอาคารเสนาสนะต่าง ๆ ดังนี้ คือ หอระฆัง หอกลองที่ใช้ตีบอกเวลาในการทำวัตรเช้า-เย็น โดยมีระบบตั้งเวลาให้ตีโดยอัตโนมัติ
ปูชนียวัตถุ ได้แก่ พระประธานประจำอุโบสถ ปางมารวิชัย ขนาดหน้าตักกว้าง ๔๙ นิ้ว สูง ๗๐ นิ้ว มีพุทธลักษณะเป็นพระพุทธรูปสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ตอนต้น และมีพระประธานประจำศาลาการเปรียญปางสมาธิ นามว่า พระพุทธศรีสัมโพธิ ขนาดหน้าตักกว้าง ๓๐ นิ้ว สูง ๗๐ นิ้ว สร้างเมื่อ พ.ศ. ๒๕๕๓ ปูชนียวัตถุ อื่น ๆ มี พระนิรันตรายจำลอง ปางสมาธิ ขนาดหน้าตัก ๖๐ นิ้ว สร้างเมื่อ ๑๒ สิงหาคม ๒๕๖๓ พระพุทธรูปยืนปางห้ามญาติ ๔ องค์ สูง ๒.๕ เมตร ข้างหลังแต่ละองค์มีสัญลักษณ์ของราชวงศ์จักรี สันนิษฐานว่าเจ้านายในพระราชวงศ์จักรีพระองค์หนึ่งที่ทรงประสูติวันจันทร์ เป็นผู้หล่อถวายวัด เป็นของเก่าแก่คู่กับอุโบสถ รูปหล่อปูนปั้นหลวงปู่อ่อน ญาณเตโช (พระครูธรรมสารวิจิตร) อดีตเป็นเจ้าอาวาสรูปแรกของวัดมัชฌันติการาม หน้าตักกว้าง ๓๐ นิ้ว สูง ๓๓ นิ้ว และตู้พระไตรปิฎกลายกนกรดน้ำ ๓ ตู้ เป็นตู้ทรงพระไตรปิฎกที่สร้างในสมัยรัชกาลที่ ๑ ไม่มีประวัติแน่นอนว่า ใครเป็นผู้สร้างถวาย เป็นของเก่าแก่คู่กับวัดมาตั้งแต่สร้างวัด
วัดมัชฌันติการาม ได้รับอนุญาตให้เปิดโรงเรียนพระปริยัติธรรมทั้งแผนกนักธรรมและบาลี สังกัดสำนักเรียนวัดบวรนิเวศวิหาร มาตั้งแต่พุทธศักราช ๒๔๘๗ จึงเป็นเหตุให้มีพระภิกษุสามเณรเข้ามาศึกษาเล่าเรียนเป็นจำนวนมากในแต่ละปี และมีพระภิกษุสามเณรสอบได้ทั้งนักธรรมและบาลีเป็นจำนวนมาก จนได้รับการยกย่องจากพระเถรานุเถระชั้นผู้ใหญ่ตลอดมา ต่อมาได้จัดตั้งเป็นสำนักศาสนศึกษา วัดมัชฌันติการาม มีรายนามครูใหญ่สำนักศาสนศึกษา ดังนี้
| ๑. | พระมหาสงัด | สีดาห้าว | เปรียญธรรม ๕ ประโยค |
| ๒ | พระมหาอิสระ | ภูผาแนบ | เปรียญธรรม ๓ ประโยค |
| ๓ | พระมหาวุฒิกรณ์ | กาญฺจโน | เปรียญธรรม ๓ ประโยค |
| ๔ | พระมหาทองใบ | สิริจนฺโท | เปรียญธรรม ๔ ประโยค |
| ๕ | พระมหาสัญชัย | สิริชโย | เปรียญธรรม ๔ ประโยค |
| ๖ | พระมหาบุญยอด | สุเมโธ | เปรียญธรรม ๓ ประโยค |
| ๗ | พระมหาบุญไทย | ปุญฺญมโน | เปรียญธรรม ๗ ประโยค |
| ๘ | พระมหาบุญยอด | สุเมโธ | เปรียญธรรม ๓ ประโยค |
| ๙ | พระมหาเกรียงไกร | สิริวฑฺฒโน | เปรียญธรรม ๕ ประโยค |
ปัจจุบันเจ้าอาวาสวัดมัชฌันติการาม คือ พระครูปลัดสุวัฒนวิสาลคุณ, (บุญยอด สุเมโธ (ต้นกันยา) น.ธ.เอก, ป.ธ.๓, ศน.บ., ศษ.ม., M.A., Ph.D. ดำรงตำแหน่ง เมื่อวันที่ ๕ เมษายน ๒๕๖๕
