ปูชนียวัตถุที่สำคัญของวัด มีดังนี้
๑. พระพุทธรูปปางมารวิชัย หน้าตัก ๕๐ นิ้ว เล่ากันว่าเป็นพระสานด้วยไม้ไผ่ แล้วปั้นด้วยปูน ลงรักปิดทอง สร้างกันมาเก่าแก่คู่กับอุโบสถ พระประธานในอุโบสถของวัดมัชฌันติการามองค์นี้ ผู้เชี่ยวชาญทางโบราณคดีแห่งกรมศิลปากรได้พิจารณาแล้วว่า มีพุทธลักษณะเป็นพระพุทธรูปสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ตอนต้น องค์พระแม้จะลงรักปิดทองแล้วยังมองดูได้ชัดเจน เช่น พระหัตถ์ พระบาท วงพระพักตร์ และพระรัศมี เป็นต้น
๒. พระบรมสารีริกธาตุและอรหันตธาตุ ของพระสารีบุตรเถระ พระมหาโมคคัลลานะเถระ พระสีวลีเถระ และพระมหินทะเถระ ประดิษฐานอยู่ในผอบแก้ว ซึ่งทางวัดได้รับการถวายพระบรมสารีริกธาตุพร้อมกับพระอรหันตธาตุจากคณะสงฆ์ประเทศศรีลังกา โดยมีสมเด็จพระสังฆราชประเทศศรีลังกาเป็นประธานในพิธีมอบ วัดศรีโพธิราชมหาวิหาร ณ โกสโคดา แห่งแกลเล ประเทศศรีลังกา ในปีพุทธศักราช ๒๕๔๔ โดยได้จัดวางใส่บุษบกตั้งไว้ในอุโบสถวัดมัชฌันติการาม เพื่อให้พุทธศาสนิกชน คนทั่วไปได้เข้ามากราบไหว้บูชา จนถึงวันที่ ต่อมาได้มีพุทธศาสนิกชนผู้มีจิตศรัทธา บริจาคทรัพย์และทองคำสร้างเจดีย์ทองคำและผอบทองคำ บรรจุพระบรมสารีริกธาตุพร้อมกับพระอรหันตธาตุ เพื่ออัญเชิญขึ้นบรรจุในเจดีย์องค์ใหญ่ของวัดไว้ให้พุทธศาสนิกชนสักการะบูชาสืบไป ซึ่งได้จัดพิธีบรรจุ พระบรมสารีริกธาตุพร้อมกับพระอรหันตธาตุ ในวันที่ ๒ สิงหาคม ๒๕๕๕ โดยมี เจ้าประคุณสมเด็จพระวันรัต วัดบวรนิเวศวิหาร เป็นประธานในพิธี พร้อมทั้งหมู่คณะสงฆ์ สามเณร แม่ชี ศิษยานุศิษย์ อุบาสกอุบาสิกาทั่วทุกสารทิศมาร่วมงานในครั้งนี้อย่างคับคั่ง
๓. พระพุทธรูปปางห้ามญาติ ๔ องค์ ภายในอุโบสถเป็นพระพุทธรูปยืน สูง ๒.๕ เมตร ข้างหลังแต่ละองค์มีเครื่องหมายของราชวงศ์จักรี สันนิษฐานว่าเจ้านายในพระราชวงศ์จักรีพระองค์หนึ่งที่ทรงประสูติวันจันทร์ เป็นผู้หล่อถวายวัด เป็นของเก่าแก่คู่กับอุโบสถ
๔. รูปหล่อบูรพาจารย์ ประกอบไปด้วย
๔.๑ รูปหล่อปูนปั้นหลวงปู่อ่อน ญาณเตโช (พระครูธรรมสารวิจิตร) อดีตเป็นเจ้าอาวาสรูปแรกของวัดมัชฌันติการาม ซึ่งปัจจุบันประดิษฐานอยู่ที่วิหารหลวงปู่อ่อน
๔.๒ รูปหล่อหลวงปู่ไขย จนฺทสาโร (พระครูวิจิตรธรรมสาร) อดีตเป็นเจ้าอาวาสรูปที่ ๗ ของวัดมัชฌันติการาม ซึ่งปัจจุบันประดิษฐานอยู่ที่ศาลาข้างอุโบสถข้างซ้าย (เมื่อหันหน้าไปทางท่าน้ำวัด)
๔.๓ รูปหล่อหลวงปู่พันธ์ อาจาโร (พระครูใบฎีกาพันธ์) อดีตผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดมัชฌันติการาม ซึ่งปัจจุบันประดิษฐานอยู่ที่ศาลาข้างอุโบสถข้างซ้าย (เมื่อหันหน้าไปทางท่าน้ำวัด)
๕. ตู้พระไตรปิฎกลายกนกรดน้ำ ๓ ตู้ เป็นตู้ทรงพระไตรปิฎกที่สร้างในสมัยรัชกาลที่ ๑ ไม่มีประวัติแน่นอนว่า ใครเป็นผู้สร้างถวาย เป็นของเก่าแก่คู่กับวัดมาตั้งแต่สร้างวัด
